Ngoài công tác đào tạo đại học hệ chính quy, Khoa Nông nghiệp còn chú trọng phát triển các loại hình đào tạo ngoài chính quy như vừa làm vừa học (hệ tại chức cũ), từ xa. Đối tượng người học là các cán bộ lãnh đạo và chuyên gia đã và đang công tác trong lĩnh vực nông nghiệp ở vùng ĐBSCL hoặc đang làm việc trong các công ty công lập và tư nhân. Những đối tượng người học này do không có điều kiện học tập trung như sinh viên chính quy, mà vừa đi làm vừa đi học nên việc Khoa phát triển loại hình đào tạo này đã giúp đào tạo và bồi dưỡng kiến thức chuyên môn cho trăm cán bộ, chuyên gia để kịp thời góp phần cho sự phát triển ngành nông nghiệp tại vùng ĐBSCL.

• Đối với hệ vừa làm vừa học, cho đến nay Khoa đã giảng dạy nhiều lớp hệ vừa làm vừa học thông qua liên kết với hơn 12 đơn vị liên kết là các trường đại học và cao đẳng ở các tỉnh/thành phố: Cần Thơ, An Giang, Kiên Giang, Vĩnh Long, Đồng Tháp, Sóc Trăng, Bạc Liêu, Cà Mau, TP.HCM.
• Đối với hệ đào tạo từ xa, Khoa cũng đã 04 lớp tại 04 đơn vị liên kết tại các tỉnh Đồng Tháp, Bạc Liêu và thành phố Cần Thơ thuộc chuyên ngành Bảo vệ Thực vật.
• Về chương trình đào tạo và thời gian học:
• Hệ vừa làm vừa học:
  • Các chương trình đào tạo đã và đang tuyển sinh và giảng dạy:
    • Nông học
    • Khoa học cây trồng
    • Bảo vệ thực vật
    • Thú y
    • Chăn nuôi
    • Công nghệ thực phẩm
  • Thời gian đào tạo và hình thức học:
    • Đối với thí sinh tốt nghiệp THPT đăng ký nhập học:
      • Chương trình đào tạo Thú y: 5 năm
      • Các chương trình còn lại: 4,5 năm
    • Đối với thí sinh tốt nghiệp đại học, cao đẳng, trung cấp
      • Chương trình đào tạo Thú y: 3,5 đến 4 năm
      • Các chương trình đào tạo còn lại: từ 2 đến 2,5 năm
    • Hệ từ xa:
      • Các chương trình đào tạo đã và đang tuyển sinh và giảng dạy
        • Khoa học cây trồng
        • Bảo vệ thực vật
        • Thú y
      • Thời gian đào tạo và hình thức học:
        • Chương trình đào tạo Thú y: 5 năm
        • Các chương trình còn lại: 4,5 năm 

* Bậc Đại học, gồm các ngành/chuyên ngành thuộc các hệ đào tạo:
Chính quy:
- Công nghệ giống cây trồng

- Nông học

- Quản lý đất và công nghệ phân bón

- Bảo vệ thực vật

- Khoa học cây trồng

- Nông nghiệp công nghệ cao

- Công nghệ rau hoa quả & cảnh quan

- Thú Y

- Dược Thú Y

- Công nghệ thực phẩm

- Công nghệ sau thu hoạch

- Chăn nuôi

- Sinh học ứng dụng

- Công nghệ thực phẩm (CLC)

Vừa làm vừa học:
- Nông học

- Bảo vệ thực vật

- Khoa học cây trồng

- Thú Y

- Công nghệ thực phẩm

- Chăn nuôi 

Từ xa:
- Bảo vệ thực vật
 

* Bậc cao học
Gồm 7 ngành đào tạo:
- Khoa học cây trồng
- Chăn nuôi
- Thú y
- Khoa học đất
- Công nghệ thực phẩm
- Bảo vệ thực vật
- Công nghệ sau thu hoạch

* Bậc tiến sĩ
Gồm 6 ngành đào tạo:
- Khoa học cây trồng
- Khoa học Đất
- Bảo vệ thực vật
- Chăn nuôi
- Bệnh lý học và chữa bệnh vật nuôi
- Công nghệ thực phẩm

     Bên cạnh những ngành đào tạo nói trên, KNN còn đào tạo riêng cho đối tượng là con em dân tộc ít người các ngành như: Môi trường và Nông học. Để đáp ứng một phần nhu cầu đào tạo của ĐBSCL, KNN tham gia giảng dạy ở các trường cao đẳng cộng đồng, trung tâm giáo dục thường xuyên và tại chức tại một số tỉnh.

     Từ năm học 1995-1996, Khoa đã áp dụng hệ thống quản lý đào tạo theo tín chỉ. Hiện nay công tác này đã đi vào nề nếp và từng bước được hoàn thiện. Quy trình đào tạo mới này giúp cho sinh viên chủ động trong việc quyết định quá trình học tập của mình. Từ năm học 2000-2001, Khoa đã áp dụng các phương pháp giảng dạy mới như phương pháp học theo tình huống.

     Trong những năm gần đây, trang thiết bị phục vụ cho công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học của KNN được nâng cấp khá nhiều. Bên cạnh các phòng thực tập chuyên môn Khoa còn có phòng thực tập máy vi tính. Ở hầu hết các Bộ môn, sinh viên có thể thực tập môn học, làm luận văn tốt nghiệp, nghiên cứu và ngày càng khai thác thông tin trên Internet nhiều hơn.

     Khoa Nông nghiệp và Sinh học Ứng dụng có đội ngũ cán bộ có kinh nghiệm, năng nổ, tích cực trong công tác, ham học hỏi và được thường xuyên được nâng cao trình độ trong và ngoài nước. Khoa đảm nhận giảng dạy các môn cơ sở và chuyên ngành nông nghiệp cho sinh viên đại học, cao học, nghiên cứu sinh tại trường và ở các tỉnh ĐBSCL. Các đề tài luận văn tốt nghiệp của sinh viên đều gắn với thực tế sản xuất của ĐBSCL, nhờ đó sinh viên tốt nghiệp có khả năng giải quyết được các yêu cầu thực tế đặt ra và dễ có cơ hội tìm kiếm việc làm[1]. Khoa còn tham gia một số chương trình hợp tác quốc tế phục vụ đào tạo có hiệu quả cao như chương trình MHO8, JICA, VLIR, POND, IRRI, JIRCAS, SAREC, DANIDA, OXFARM... Đồng thời thông qua các chương trình này, năng lực quản lý và thực hiện dự án của cán bộ trong Khoa từng bước được nâng cao.

     Lực lượng cựu sinh viên nông nghiệp đang công tác có vai trò chủ chốt ở vùng ĐBSCL rất đông. Lực lượng này là một hậu thuẩn rất tốt đối với sự phát triển của trường. Các vấn đề cần hợp tác với cựu sinh viên bao gồm: đào tạo (góp ý về chương trình nội dung đào tạo, yêu cầu xã hội về ngành nghề và nội dung đào tạo), nghiên cứu khoa học (đề tài, kinh phí, địa điểm, v.v...), thị trường lao động (yêu cầu, số lượng, giới thiệu việc làm, v.v...).