Khoa Chăn nuôi, Trường Nông nghiệp, Trường Đại học Cần Thơ được thành lập từ tháng 3/1996 trên cơ sở sáp nhập 4 đơn vị thuộc Khoa Chăn nuôi Thú y (cũ) bao gồm: Bộ môn Dinh dưỡng Thức ăn, Bộ môn Sinh lý Động vật, Bộ môn Giống và Kỹ thuật nuôi và Trại Chăn nuôi Thực nghiệm.
Trưởng Khoa Chăn nuôi qua các giai đoạn:
- 4/1996-02/2002: PGS.TS. Võ Văn Sơn
- 02/2002-10/2002: TS. Nguyễn Minh Thông
- 10/2002-01/2006: PGS.TS. Võ Văn Sơn
- 01/2006-6/2012: GS.TS. Nguyễn Văn Thu
- 6/2012-5/2018: PGS.TS. Đỗ Võ Anh Khoa
- 5/2018-12/2022: PGS.TS. Nguyễn Thị Kim Khang
- 12/2022 đến nay: PGS.TS. Nguyễn Thị Thuỷ
Cơ sở vật chất của Khoa được đầu tư và trang bị trên nền viện trợ của tổ chức JICA (Nhật Bản) với 07 phòng thí nghiệm chăn nuôi cơ sở và chăn nuôi chuyên ngành. Trong những năm gần đây, nguồn nhân lực và trang thiết bị của Bộ môn được nâng cấp thêm nhờ sự hỗ trợ của dự án World Bank, Dự án Bộ Giáo dục và Đào tạo, các chương trình nghiên cứu MEKARN (Thụy Điển), JIRCAS (Nhật Bản) và chương trình hỗ trợ thiết bị cho lưu học sinh hồi hương CIM-WUS (Đức).
Có thể nói, ngành Chăn nuôi tại Đại học Cần Thơ được đầu tư khá bài bản về nguồn nhân lực và cơ sở vật chất đáp ứng nhu cầu đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ. Khoa Chăn nuôi là một trong những đơn vị đi đầu của Trường Đại học Cần Thơ về việc đào tạo đại học, cao học và nghiên cứu sinh, đặc biệt là chương trình đào tạo cao học quốc tế (2010-2012).
Với những thành tích nổi bật đó, Khoa Chăn nuôi đã được Bộ Giáo dục và Đào tạo tặng Bằng khen vì thành tích nghiên cứu khoa học xuất sắc giai đoạn 2006-2010 và vinh dự được Bộ Giáo dục và Đào tạo chọn là đơn vị đào tạo tiến sĩ ngành Chăn nuôi trong đề án 911.
Trong nhiều năm qua, Khoa Chăn nuôi cũng đã đóng góp nhiều thành tựu trong công tác chuyển giao khoa học kỹ thuật cho khu vực Đồng bằng sông Cửu Long, và vì thế cũng có ảnh hưởng và đóng góp nhất định đối với sự phát triển của ngành chăn nuôi trong vùng.
