Bộ môn Khoa học Đất hiện tại có 3 phòng thí nghiệm chính:
1. Hóa học đất
Phòng thí nghiệm hóa học đất là phòng thí nghiệm đầu tiên của Bộ môn, có bề dầy về năng lực phân tích và phục vụ cho giảng dạy thực tập và nghiên cứu của bộ môn. Ngoài việc phục vụ nghiên cứu và đào tạo, phòng thí nghiệm Hóa học Đất còn thực hiện dịch vụ phân tích cho các đơn vị, cá nhân ngoài trường có nhu cầu phân tích hóa học mẫu đất, phân bón, nước và thực vật.
2. Vật lý đất
Phòng thí nghiệm Vật lý đất là một trong những phòng thí nghiệm chuyên môn sâu của Bộ môn Khoa học đất chuyên nghiên cứu về đặc tính vật lý, tính chất nước trong đất, sự suy thoái vật lý của các nhóm đất phục vụ cho canh tác lúa và các loại cây trồng cạn ở Đồng bằng sông Cửu Long. Ngoài ra phòng còn đảm nhận giảng dạy các môn học về tính chất vật lý đất, bạc màu và bảo vệ tài nguyên đất, quản lý nước trong đất cho sinh viên đại học và học viên cao học các ngành nông nghiệp.
Phòng thí nghiệm Vi sinh vật Đất được xây dựng từ năm 2005 dưới sự hổ trợ của dư án Vlir (CT. HTQT với ĐH. Gent và Leuven, Vương Quốc Bỉ) và dựa án nghiên cứu than bùn (Liên minh Châu Âu). Phòng thí nghiệm trực thuộc tổ chuyên ngành Sinh học Đất của Bộ môn.
Trong tương lai, Bộ môn sẽ thành lập một phòng thí nghiệm mới, Phòng thí nghiệm vi hình thái đất.