Bộ môn Công nghệ Thực phẩm được thành lập năm 1978 với tên gọi ban đầu là Bộ môn Chế biến thuộc Khoa Chăn nuôi – Thuỷ sản – Chế biến. Năm 1981, Bộ môn Chế biến được tách ra để thành lập Khoa Bảo quản & Chế biến Nông sản, sau đó đổi tên thành Khoa Công nghệ Thực phẩm. Từ năm 1996, theo yêu cầu phát triển của Trường Đại học Cần Thơ, Khoa Công nghệ Thực phẩm được chuyển thành Bộ môn Công nghệ Thực phẩm thuộc Khoa Nông nghiệp & Sinh học ứng dụng đến ngày nay. Hiện nay Bộ môn có 29 cán bộ viên chức, trong đó có GS: 2; PGS: 7, tỷ lệ CBGD đạt trình độ sau đại học là 100% (trong đó TS đạt 59,09%). Cơ cở vật chất của Bộ môn có 04 phòng thí nghiệm: PTN Quá trình và thiết bị Công nghệ thực phẩm; PTN Kỹ thuật sinh học thực phẩm;  PTN Phát triển sản phẩm và an toàn thực phẩm; PTN Công nghệ sau thu hoạch.